Aunque oficialmente no forman parte de la estructura de la Comisión del Codex Alimentarius, las reuniones conjuntas FAO/OMS sobre residuos de plaguicidas proporcionan un asesoramiento científico de expertos independiente a la Comisión y sus Comités especializados. La FAO y la OMS mantienen sitios web separados en que se muestran los trabajos de la JMPR desde los puntos de vista de las dos organizaciones patrocinadoras.